La boîte à outils rend la conception de protéines plus rapide et plus accessible
Ce qui prenait des semaines auparavant peut désormais être réalisé en un jour ou moins
Des chercheurs de l'Institut Max Planck de biologie de Tübingen, de l'Université de Tübingen et de l'Hôpital universitaire de Tübingen ont mis au point une boîte à outils en ligne pour accélérer et simplifier la conception de protéines sans que l'utilisateur ait besoin d'ordinateurs puissants ou de connaissances approfondies en matière de conception de protéines. La boîte à outils offre à ses utilisateurs de multiples outils de conception, des analyses rapides, une interprétation facile et des résultats téléchargeables. Leur cadre, publié dans Nucleic Acids Research, offre une ressource complète à la communauté des chercheurs en biologie.
Le serveur Damietta intègre de manière transparente différents outils de conception de protéines et assure leur interopérabilité. Image adaptée de Nucleic Acids Res, gkae297, https://doi.org/10.1093/nar/gkae297
© Dr. Kateryna Maksymenko / Max-Planck-Institut für Biologie Tübingen
La conception de protéines dotées de nouvelles fonctions est une étape cruciale dans de nombreux domaines de la recherche biomédicale. Le processus de conception de protéines a souvent été complexe, nécessitant une puissance de calcul et une expertise importantes, limitant ainsi son applicabilité et son accessibilité à un plus grand nombre de chercheurs.
La boîte à outils Damietta pour la conception de protéines relève ces défis en offrant une plateforme web qui intègre plusieurs outils de conception de protéines. Cette plateforme s'inspire de la boîte à outils bioinformatique MPI, qui simplifie considérablement les flux de travail bioinformatiques. Elle est hébergée par le département de l'évolution des protéines de l'Institut Max Planck de biologie de Tübingen, dirigé par le professeur Andrei Lupas, qui a soutenu le développement de la nouvelle boîte à outils de conception de protéines.
"L'interface conviviale de Damietta en fait un outil puissant pour les chercheurs de tous niveaux d'expérience", déclare le Dr Kateryna Maksymenko, chercheur au département d'évolution des protéines de l'Institut Max Planck de biologie de Tübingen. "Cette boîte à outils accélère considérablement la conception des protéines, stimulant ainsi les découvertes et les applications cliniques directes en biomédecine."
Contrairement aux méthodes basées sur l'apprentissage automatique, Damietta s'appuie sur des principes physiques bien établis, ce qui garantit des résultats généralisables, précis et interprétables.
Le serveur Damietta simplifie le processus de conception des protéines pour les utilisateurs en offrant les avantages suivants
- Des calculs plus rapides et plus précis. Ce qui prenait des semaines peut désormais être réalisé en un jour ou moins.
- Une interface graphique intuitive, permettant aux chercheurs ayant une expérience limitée de la conception de protéines d'utiliser efficacement la boîte à outils.
- Transparence accrue grâce à des résultats clairs et interprétables, permettant aux chercheurs de comprendre les interactions physiques sous-jacentes qui influencent les protéines conçues.
Un potentiel plus large pour de nouvelles applications biomédicales et thérapeutiques
Le logiciel Damietta a déjà démontré son efficacité en concevant deux classes de protéines pour le traitement du cancer. L'équipe utilise également le logiciel pour développer des protéines utiles pour divers troubles, notamment l'insuffisance de la moelle osseuse et la leucémie.
Les utilisateurs actuels peuvent s'attendre à de futures mises à jour, car les chercheurs développent activement Damietta pour permettre la mise en place d'un environnement membranaire et l'incorporation d'acides aminés non standard et de petites molécules.
Note: Cet article a été traduit à l'aide d'un système informatique sans intervention humaine. LUMITOS propose ces traductions automatiques pour présenter un plus large éventail d'actualités. Comme cet article a été traduit avec traduction automatique, il est possible qu'il contienne des erreurs de vocabulaire, de syntaxe ou de grammaire. L'article original dans Anglais peut être trouvé ici.
Publication originale
Autres actualités du département science
Recevez les dernières actualités du secteur des sciences de la vie
Ne manquez plus aucune actualité : notre newsletter consacrée aux biotechnologies, au secteur pharmaceutique et aux sciences de la vie vous informe tous les mardis et jeudis. Les dernières nouvelles du secteur, les produits phares et les innovations - de manière compacte et compréhensible dans votre boîte de réception. Recherché par nos soins, pour que vous n'ayez pas à le faire.
