La traque des minorités dans les éponges de cuisine
Première étude sur le microbiote non bactérien des éponges de cuisine usagées
Avec jusqu'à 54 milliards de bactéries par centimètre cube, les éponges de cuisine usagées présentent l'une des populations de microbes les plus denses de tous les ustensiles ménagers. Malgré leur popularité, les éponges à vaisselle n'ont en réalité que peu de sens en tant qu'ustensiles de nettoyage de la cuisine du point de vue de l'hygiène, car elles peuvent également contenir des agents pathogènes tels que les salmonelles ou les bactéries campylobacter.
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"Les études précédentes sur la microbiologie des éponges de cuisine étaient axées sur les bactéries. Or, il existe toute une série d'autres micro-organismes, comme les archées, les champignons, les protozoaires, les algues et, bien sûr, les virus. Jusqu'à présent, on savait peu de choses sur leur présence dans l'hôtel à insectes de l'éponge de cuisine", explique le professeur Markus Egert, qui enseigne la microbiologie et l'hygiène sur le campus de Schwenningen de l'université de Furtwangen.
Afin d'obtenir un premier aperçu du microbiote non bactérien des éponges de cuisine et de son importance pour l'hygiène de la cuisine, une étude pilote a été réalisée sur cinq éponges de vaisselle usagées. Cette analyse consiste à extraire tout l'ADN d'un échantillon, à le séquencer, puis à utiliser les fragments de gènes trouvés pour identifier les organismes présents.
"Notre étude a prouvé de manière concluante que les bactéries sont bien les patrons de l'éponge de cuisine, 98 % de toutes les séquences d'ADN trouvées étant attribuées à ce groupe de micro-organismes", rapporte le professeur Egert. Les séquences d'organismes eucaryotes, c'est-à-dire d'organismes possédant un véritable noyau cellulaire, arrivent en deuxième position (1,6 %). Parmi elles figuraient des gènes de champignons, d'algues et de protozoaires animaux tels que les amibes. Cependant, la majorité de ces éléments d'ADN provenaient de résidus alimentaires qui ont vraisemblablement été ramassés par l'éponge lors du nettoyage.
Seulement 0,14% des séquences génétiques ont été attribuées à des virus. Les 56 genres découverts étaient tous des bactériophages, c'est-à-dire des virus qui se reproduisent dans les bactéries. Chacune des cinq éponges testées présentait une communauté virale très individuelle. Les séquences les moins nombreuses (0,007 %) ont été trouvées chez les archées. Les archées sont un groupe frère des bactéries qui, comme ces dernières, ne contiennent pas de véritable noyau. Les groupes individuels se caractérisent par des capacités métaboliques particulières, comme la capacité de produire du méthane, un gaz à effet de serre. "En fait, nous avons pu détecter l'ADN d'une archée méthanogène dans des éponges. Toutefois, il reste à savoir si les éponges de cuisine, comme d'autres biotes des zones humides, produisent également des quantités importantes de méthane", explique Egert avec un sourire. Les archées halophiles (qui aiment le sel), que l'on trouve généralement dans les lacs salés mais aussi sur la peau humaine où elles peuvent défier la salinité de la sueur, étaient les plus fréquemment rencontrées.
"Du point de vue de l'hygiène, nous pouvons donner le feu vert après notre étude. Il ne semble pas que le microbiote non bactérien d'une éponge de cuisine présente des risques particuliers pour la santé", conclut Egert. "D'un point de vue biologique, cette étude est néanmoins extrêmement intéressante et peut apporter beaucoup à notre compréhension de l'écosystème des éponges de cuisine. Les bactériophages pourraient, par exemple, contrôler la composition des communautés bactériennes dans l'éponge ou favoriser l'échange de gènes entre les bactéries. Pour mieux comprendre ces processus, il faudrait étudier davantage d'éponges et étendre la méthodologie d'analyse aux molécules d'ARN afin de pouvoir détecter les virus à ARN et à ADN", déclare Egert, en se tournant vers l'avenir.
La nouvelle étude a été réalisée par une équipe de chercheurs de l'université de Furtwangen et de l'université Justus Liebig de Gießen (Allemagne). Elle a été publiée dans la revue scientifique "Archives of Microbiology" sous le titre "Minority report : small-scale metagenomic analysis of the non-bacterial kitchen sponge microbiota".
Note: Cet article a été traduit à l'aide d'un système informatique sans intervention humaine. LUMITOS propose ces traductions automatiques pour présenter un plus large éventail d'actualités. Comme cet article a été traduit avec traduction automatique, il est possible qu'il contienne des erreurs de vocabulaire, de syntaxe ou de grammaire. L'article original dans Anglais peut être trouvé ici.
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