Análisis de datos de Coronavirus
La plataforma de código abierto permite una visión general libre y transparente de la información del genoma de COVID-19
El Dr. Wolfgang Maier y el Dr. Björn Grüning de la Universidad de Friburgo, junto con investigadores de universidades de Bélgica, Australia y los EE.UU., han revisado los datos anteriormente disponibles sobre las secuencias del nuevo coronavirus y han publicado sus análisis en la plataforma de código abierto Galaxy. Los dos bioinformáticos de Friburgo esperan que esto facilite el intercambio de datos entre las autoridades, los institutos y los laboratorios que se ocupan del virus. Los investigadores de Friburgo han documentado su enfoque y resultados en el portal de bioRxiv.
geralt, pixabay.com, CC0
La plataforma Galaxy es adecuada para el análisis de grandes datos en las ciencias de la vida. Los servidores públicos proporcionan a los científicos acceso gratuito a herramientas de análisis y procedimientos de evaluación reproducibles. Maier, Grüning y sus colegas han utilizado Galaxy para volver a analizar todos los datos del genoma de COVID-19 disponibles públicamente para su estudio. Las publicaciones anteriores a menudo carecían de transparencia en cuanto al análisis de datos, explica Grüning. Por ejemplo, sólo uno de los cuatro estudios sobre el genoma de COVID-19 publicados a principios de febrero contenía información clara sobre los datos en bruto utilizados, dice Grüning. "Y los análisis tampoco estaban bien documentados y no eran reproducibles". Como resultado, no fue posible comprender o verificar las declaraciones respectivas.
En pocos días, el equipo pudo aplicar flujos de trabajo idénticos a cada una de las secuencias disponibles y hacerlas accesibles al público a través de Galaxy. Como resultado, los investigadores de todo el mundo tienen ahora acceso a la red de servidores de las Galaxias en Europa, los Estados Unidos y Australia, no sólo para la evaluación de los datos, sino también como infraestructura científica para su propio trabajo con los datos de COVID-19. Esto significa que los científicos podrán analizar los nuevos conjuntos de datos de COVID-19 en los servidores públicos en las horas siguientes a su lanzamiento a través de los mismos flujos de trabajo utilizados para analizar los datos actuales.
Los investigadores están de acuerdo en que actualmente hay una falta de intercambio de datos en la investigación sobre COVID-19, dice Maier. Esto debería cambiar con las publicaciones sobre la Galaxia. "La cooperación mundial, necesaria para hacer frente a emergencias de salud pública como el brote de COVID-19, requiere en última instancia un acceso sin restricciones a los datos, las herramientas analíticas y la infraestructura informática".
El proyecto Galaxy se inició en la Universidad Estatal de Pennsylvania (EE.UU.) y se siguió desarrollando en la Universidad de Friburgo en el Centro de Investigación en Colaboración "Epigenética Médica" y como parte de la Red Alemana de Infraestructura Bioinformática (de.NBI). El servidor europeo se encuentra en el departamento de servicios informáticos de la Universidad de Friburgo y está diseñado como un proyecto comunitario. Los datos son de libre acceso en línea. Los científicos que deseen utilizar el servidor no necesitan tener conocimientos de programación. Todos los análisis se pueden configurar a través de una interfaz gráfica de usuario. El equipo de la Universidad de Friburgo dirigido por el Prof. Dr. Rolf Backofen del Departamento de Informática es responsable del desarrollo de la Galaxia.
Nota: Este artículo ha sido traducido utilizando un sistema informático sin intervención humana. LUMITOS ofrece estas traducciones automáticas para presentar una gama más amplia de noticias de actualidad. Como este artículo ha sido traducido con traducción automática, es posible que contenga errores de vocabulario, sintaxis o gramática. El artículo original en Inglés se puede encontrar aquí.
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