Des scientifiques de 33 pays européens unissent leurs forces pour générer des génomes de référence pour la riche diversité biologique du continent
Le projet pilote de l'Atlas européen des génomes de référence (ERGA) a réussi à réunir des scientifiques de toute l'Europe pour produire des génomes de référence de haute qualité pour 98 espèces. Il s'agit d'une étape importante dans la création d'une base de données de génomes de référence de haute qualité pour tous les animaux, plantes et champignons d'Europe. Le projet pilote a été lancé en 2021 par la présidente de l'ERGA de l'époque, le Dr Camila Mazzoni, du Leibniz Institute for Zoo and Wildlife Research (Leibniz-IZW), avec la participation de l'ensemble de la communauté. Cet effort continental ouvre la voie à un nouveau modèle inclusif et équitable pour la génomique de la biodiversité, comme l'indique un article de recherche publié aujourd'hui dans la revue "npj Biodiversity".
Dans une nouvelle publication, l'Atlas européen du génome de référence (ERGA) annonce le succès de son projet pilote. Cette initiative pionnière a rassemblé un vaste réseau collaboratif de scientifiques et d'institutions de 33 pays pour produire des génomes de référence de haute qualité de 98 espèces européennes - jusqu'à présent. Le projet pilote a permis de tirer des enseignements précieux et de mettre en évidence des défis majeurs, faisant de l'ERGA un modèle pour les initiatives décentralisées, inclusives et équitables de génomique de la biodiversité dans le monde entier.
Parmi les nombreuses étapes du projet figurent les premiers assemblages de génomes au niveau des chromosomes d'espèces de Grèce, l'un des pays les plus riches en biodiversité d'Europe. Des espèces telles que le lézard des murailles de Crète(Podarcis cretensis) et le silure d'Aristote(Silurus aristotelis) ont été échantillonnées par des scientifiques locaux en Grèce afin de produire des génomes qui sont désormais librement accessibles et étudiables par tous dans le monde entier. Ce ne sont là que deux exemples de ce qu'il est possible de réaliser en réunissant une communauté internationale de scientifiques spécialisés dans la biodiversité et en favorisant la collaboration entre les pays et à l'intérieur de ceux-ci. Le projet pilote ERGA a mis l'accent sur l'équité et l'inclusion, l'objectif étant que la recherche et les ressources génomiques soient accessibles à tous, quelle que soit l'origine géographique. Pour de nombreux scientifiques et pays participants, le projet a offert la première occasion de s'engager activement dans la production de ressources génomiques de référence de pointe pour leur biodiversité indigène.
Le projet pilote ERGA a également permis de créer une dynamique et de mettre en évidence l'importance croissante de la génomique de la biodiversité en Europe et au-delà. Les données génomiques recèlent un immense potentiel pour éclairer les mesures de conservation des espèces menacées et débloquer des découvertes dans les domaines de la santé humaine, de la bioéconomie, de la biosécurité et de bien d'autres applications. Par exemple, le grand argentin(Argentina silus) figure parmi les espèces séquencées dans le cadre du projet ; il s'agit d'une espèce de poisson commercialement importante de l'Atlantique Nord. Ce nouveau génome de référence permettra aux scientifiques d'évaluer plus précisément l'état génétique des populations de l'espèce, ce qui orientera en fin de compte les décisions de gestion afin de garantir que les pratiques de pêche sont responsables et durables.
Le pygargue à queue blanche(Haliaeetus albicilla) est l'une des espèces pour lesquelles un génome de référence de haute qualité est également disponible pour la première fois. Grâce à ce génome de référence, il sera possible à l'avenir d'étudier des maladies génétiques dont seuls les symptômes sont actuellement connus. C'est notamment le cas du "syndrome du pincement", explique le Dr Oliver Krone, spécialiste des oiseaux de proie au Leibniz-IZW. Dans cette maladie, les plumes de vol et de contrôle des jeunes pygargues à queue blanche sont malformées et rendent le vol impossible. Les causes de cette malformation des plumes sont génétiques et sont transmises de manière récessive des deux parents à la progéniture. Krone ajoute qu'il existe de nombreuses possibilités d'utiliser le génome de l'aigle pour des questions phylogénétiques. Par exemple, des sous-populations pourraient être différenciées les unes des autres ou des populations isolées pourraient être identifiées.
Alors que la communauté scientifique mondiale s'efforce de libérer tout le potentiel des données génomiques, la mise en place d'un réseau de collaboration à l'échelle européenne sous l'égide de l'ERGA accélère les progrès scientifiques et facilite leur traduction en avantages tangibles pour la biodiversité et la société. En outre, le réseau aide les scientifiques à tous les stades de leur carrière à trouver et à partager des opportunités de formation, de partenariat et de financement. Le projet pilote de l'ERGA a été lancé début 2021 par la présidente de l'ERGA de l'époque, le Dr Camila Mazzoni, du Leibniz-IZW et du Berlin Center for Genomics in Biodiversity Research (BeGenDiv), qui a lancé des appels auprès de centaines de scientifiques spécialisés dans le génome afin de mettre en place et de planifier le projet collaboratif d'une manière inclusive et décentralisée.
L'ERGA est le nœud européen du projet plus vaste Earth BioGenome Project (EBP). Pour atteindre son objectif ambitieux - séquencer toutes les formes de vie eucaryotes sur Terre - l'EBP a absolument besoin d'une participation mondiale et de nouveaux modèles décentralisés de production de génomes. Le projet pilote ERGA a pu montrer qu'un modèle de production de génomes entièrement distribué, collaboratif et coordonné est non seulement faisable mais aussi efficace, même à l'échelle d'un continent et sans source centrale de financement. En fait, la majeure partie du budget du projet provient des efforts déployés par les membres individuels et les institutions partenaires, avec le soutien supplémentaire des partenaires de séquençage et des sociétés commerciales de séquençage qui ont fourni des subventions, des remises et des contributions en nature.
Le projet pilote ERGA a permis d'identifier et de relever les nombreux défis liés au travail à l'échelle internationale. Il s'agit notamment des obstacles juridiques et logistiques liés au transport transfrontalier d'échantillons biologiques, des disparités de ressources entre les pays et de la recherche d'un équilibre entre la décentralisation et le besoin de normalisation afin de garantir que seuls les assemblages de génomes de référence les plus performants possibles, répondant aux critères de l'EBP, sont produits par le projet.
L'approche décentralisée de l'ERGA est très prometteuse pour l'avenir de la génomique de la biodiversité. Le fait que le projet pilote ait réussi à créer une dynamique et à fédérer les chercheurs illustre la puissance de ce modèle. En encourageant la collaboration internationale et en mettant l'accent sur l'inclusivité et l'équité, l'ERGA établit de nouvelles normes pour la génomique de la biodiversité. Les enseignements tirés et les défis identifiés et relevés dans le cadre du projet pilote guideront les efforts futurs, en promouvant des flux de travail robustes et normalisés et une base de données génomique complète pour les espèces d'Europe et d'ailleurs.
Note: Cet article a été traduit à l'aide d'un système informatique sans intervention humaine. LUMITOS propose ces traductions automatiques pour présenter un plus large éventail d'actualités. Comme cet article a été traduit avec traduction automatique, il est possible qu'il contienne des erreurs de vocabulaire, de syntaxe ou de grammaire. L'article original dans Anglais peut être trouvé ici.
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