Plus de trente nouvelles espèces de bactéries découvertes dans des échantillons de patients
"Cela nous a amenés à penser qu'il s'agit d'un pathogène émergent que nous devons surveiller"
Les germes inconnus sont fréquents dans les hôpitaux. Des chercheurs de l'université de Bâle ont passé de nombreuses années à les collecter et à les analyser. Ils ont identifié de nombreuses nouvelles espèces de bactéries, dont certaines sont importantes pour la pratique clinique.
Les infections bactériennes peuvent être traitées plus efficacement si la cause de la maladie est connue. Dans la plupart des cas, il suffit d'une analyse dans un laboratoire médical pour identifier un agent pathogène. Il arrive cependant que les méthodes standard soient insuffisantes, par exemple lorsque l'espèce bactérienne n'a pas encore été classifiée ou qu'elle est particulièrement difficile à cultiver.
Depuis 2014, une équipe de l'Université de Bâle et de l'Hôpital universitaire de Bâle collecte et analyse des échantillons de patients contenant de tels germes inconnus. Les chercheurs ont découvert plus de trente nouvelles espèces de bactéries, dont certaines sont associées à des infections cliniquement pertinentes.
Analyse génétique complète
Dans l'ensemble, l'équipe dirigée par le Dr Daniel Goldenberger, microbiologiste, a analysé 61 pathogènes bactériens inconnus trouvés dans des échantillons de sang ou de tissus provenant de patients souffrant d'un large éventail de conditions médicales. Les méthodes de laboratoire conventionnelles, telles que la spectroscopie de masse ou le séquençage d'une petite partie du génome bactérien, n'avaient pas permis d'obtenir des résultats pour tous ces isolats. C'est pourquoi les chercheurs ont séquencé le matériel génétique complet de la bactérie à l'aide d'une méthode qui n'est disponible que depuis quelques années. Ils ont ensuite comparé les séquences génomiques identifiées avec des souches connues dans un outil en ligne.
Sur les 61 bactéries analysées, 35 étaient inconnues auparavant. Les chercheurs ont classé les 26 souches restantes comme difficiles à identifier : soit leurs séquences génomiques n'avaient été ajoutées aux bases de données que récemment, soit une description taxonomique correcte des agents pathogènes n'avait été créée que très récemment. Une évaluation des données relatives aux patients a montré que sept des 35 nouvelles souches étaient cliniquement pertinentes, c'est-à-dire qu'elles pouvaient provoquer des infections bactériennes chez l'homme. "Des liens aussi directs entre les espèces de bactéries nouvellement identifiées et leur pertinence clinique ont rarement été publiés dans le passé", a déclaré le Dr Goldenberger.
Cause d'infections rares
La plupart des espèces nouvellement identifiées appartiennent aux genres Corynebacterium et Schaalia , deux bacilles à Gram positif. "De nombreuses espèces de ces deux genres sont présentes dans le microbiome naturel de la peau humaine et des muqueuses. C'est pourquoi elles sont souvent sous-estimées et que les recherches à leur sujet sont rares", explique le Dr Goldenberger. Ils peuvent toutefois provoquer des infections lorsqu'ils pénètrent dans la circulation sanguine, à cause d'une tumeur par exemple.
L'un des agents pathogènes difficiles à identifier pourrait également avoir une importance clinique. Il a été trouvé dans le pouce enflammé d'un patient après une morsure de chien. Un groupe de recherche canadien a également isolé récemment cette bactérie dans des plaies causées par des morsures de chien ou de chat. "Cela nous a amenés à penser qu'il s'agit d'un pathogène émergent que nous devons surveiller", a déclaré le Dr Goldenberger. Les chercheurs canadiens ont baptisé la bactérie Vandammella animalimorsus (Vandammella de la morsure d'animal) en 2022.
L'attribution d'un nom à leur nouvelle espèce est le prochain point sur la liste des tâches de l'équipe bâloise. Elle travaille en étroite collaboration avec le professeur Peter Vandamme de l'université de Gand, spécialiste de la classification des bactéries. Deux des bactéries ont déjà été nommées. L'une est Pseudoclavibacter triregionum, en référence à la situation de Bâle, près des frontières de la Suisse, de la France et de l'Allemagne.
Le projet lancé par l'équipe de Daniel Goldenberger est cependant loin d'être achevé. Les chercheurs continuent de collecter et de séquencer systématiquement les agents pathogènes inconnus trouvés dans les échantillons de patients de l'hôpital universitaire de Bâle - plus de vingt nouvelles espèces ont déjà été détectées. "Nous avons remarqué une dynamique importante : grâce aux progrès technologiques en bactériologie, les publications sur les espèces de bactéries nouvellement découvertes sont beaucoup plus nombreuses", explique le Dr Goldenberger. Cette évolution permettra à l'avenir de diagnostiquer plus facilement les infections causées par des agents pathogènes rares et de les traiter efficacement dès le départ.
Note: Cet article a été traduit à l'aide d'un système informatique sans intervention humaine. LUMITOS propose ces traductions automatiques pour présenter un plus large éventail d'actualités. Comme cet article a été traduit avec traduction automatique, il est possible qu'il contienne des erreurs de vocabulaire, de syntaxe ou de grammaire. L'article original dans Anglais peut être trouvé ici.
Publication originale
Veronika Muigg, Helena M.B. Seth-Smith, Kai-Manuel Adam, Maja Weisser, Vladimira Hinić, Annette Blaich, Tim Roloff, Ulrich Heininger, Hanna Schmid, Maurus Kohler, Lukas Graf, Dylan M. Winterflood, Pascal Schlaepfer, Daniel Goldenberger; "Novel Organism Verification and Analysis (NOVA) study: identification of 35 clinical isolates representing potentially novel bacterial taxa using a pipeline based on whole genome sequencing"; BMC Microbiology, Volume 24, 2024-1-5
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