Se recupera el genoma ambiental humano en ausencia de restos óseos
Un enfoque innovador permite identificar el ADN en muestras de material ambiental
Se ha demostrado que los sedimentos antiguos de las cuevas conservan el ADN durante miles de años. Sin embargo, la cantidad de secuencias recuperadas de los sedimentos ambientales suele ser escasa, lo que dificulta los análisis que se realizan con estas secuencias. Un estudio dirigido por Ron Pinhasi y Pere Gelabert, de la Universidad de Viena, y publicado en Current Biology, ha conseguido recuperar tres genomas ambientales de mamíferos a partir de una única muestra de suelo de 25.000 años pb obtenida en la cueva de Satsurblia, en el Cáucaso (Georgia).
Resumen de los trabajos de excavación de la cueva de Satsurblia en 2017
© Anna Belfer-Cohen
La cueva de Satsurblia estuvo habitada por humanos en diferentes periodos del Paleolítico: Hasta la fecha, se ha podido determinar la existencia de un único individuo humano fechado hace 15.000 años en ese lugar. No se ha descubierto ningún otro resto humano en las capas más antiguas de la cueva.
El innovador enfoque utilizado por el equipo internacional dirigido por los profesores Ron Pinhasi y Pere Gelabert con Susanna Sawyer de la Universidad de Viena en colaboración con Pontus Skoglund y Anders Bergström del Instituto Francis Crick de Londres permite la identificación del ADN en muestras de material ambiental, aplicando amplios recursos de secuenciación y análisis de datos. Esta técnica ha permitido recuperar un genoma humano ambiental de la capa BIII de la cueva, datada antes de la Edad de Hielo, hace unos 25.000 años.
Este nuevo enfoque ha puesto de manifiesto la viabilidad de recuperar genomas ambientales humanos en ausencia de restos óseos. El análisis del material genético ha revelado que el genoma ambiental humano SAT29 representa un linaje humano extinto que contribuyó a las poblaciones actuales de Eurasia Occidental. Para validar los resultados, los investigadores compararon el genoma recuperado con las secuencias genéticas obtenidas de los restos óseos de la cercana cueva de Dzudzuana, obteniendo pruebas definitivas de similitudes genéticas. Este hecho valida los resultados y excluye la posibilidad de una contaminación moderna de las muestras.
Junto con el genoma humano identificado, también se han recuperado de las muestras ambientales otros genomas como el del lobo y el del bisonte. Las secuencias se han utilizado para reconstruir la historia de las poblaciones caucásicas de lobo y bisonte y ayudarán a comprender mejor la dinámica poblacional de estas especies.
El equipo planea ahora realizar nuevos análisis de muestras de suelo de la cueva de Satsurbia con el objetivo de revelar las interacciones entre la fauna extinta y los humanos y el efecto de los cambios climáticos en las poblaciones de mamíferos. La capacidad de recuperar el ADN de las muestras de suelo permite reconstruir la evolución de ecosistemas enteros del pasado.
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