Détection des salmonelles
Un simple capteur colorimétrique détecte rapidement la contamination des aliments à l'aide d'une sonde d'acide nucléique
© Wiley-VCH
La consommation d'aliments contaminés par Salmonella typhimurium, qu'il s'agisse d'œufs, de viande hachée ou de poulet, peut entraîner de graves intoxications alimentaires. Cependant, les cas suspects de salmonellose ne sont généralement confirmés que plusieurs jours plus tard, lorsque les bactéries sont détectées dans les laboratoires de microbiologie par leur mise en culture. Une équipe de chercheurs dirigée par Yingfu Li, Tohid Didar et Carlos Filipe de l'université McMaster à Hamilton, au Canada, a mis au point un nouveau système de test basé sur une sonde hybride ADN-ARN qui détecte spécifiquement et rapidement les salmonelles, sans nécessiter de diagnostic microbiologique ni d'équipement analytique coûteux.
À l'aide d'un processus de sélection à plusieurs tours, l'équipe de McMaster a découvert une sonde hybride ADN-ARN artificielle qui est un substrat pour une forme spécifique à la salmonelle d'une enzyme RNase H. Cette sonde est très spécifique à l'enzyme. Sur la base de cette reconnaissance enzymatique hautement spécifique, l'équipe a d'abord mis au point un test basé sur la fluorescence de la RNase H de la salmonelle, puis a étendu le principe à un test simple et portable de la salmonelle basé sur une colorimétrie à l'or colloïdal.
L'or colloïdal est un réactif coloré courant que beaucoup d'entre nous connaissent pour l'avoir utilisé dans les bandelettes de test de l'antigène du SRAS-CoV-2. S'écartant légèrement de cette méthodologie, l'équipe n'a toutefois pas utilisé de bandelette de papier comme base de son essai, mais s'est tournée vers des pointes de pipette en plastique, couramment utilisées en laboratoire pour mesurer des quantités spécifiques de liquides.
Pour la préparation du test colorimétrique, la paroi interne d'une pointe de pipette a d'abord été recouverte de nanogold fonctionnalisé avec de l'ADN. Un mélange de réactifs composé de nanogold-ADN et de la sonde ADN-ARN a ensuite été aspiré dans la pointe de la pipette, ce qui a entraîné la formation d'une double couche de nanogold sur les parois, car la sonde hybride ADN-ARN relie les deux couches.
Cependant, lorsque le mélange d'échantillons contient des salmonelles, la couche supérieure est libérée grâce à la RNase H des salmonelles qui clive spécifiquement la sonde hybride ADN-ARN. Lorsque la solution contenant de l'or est ensuite drainée sur un tampon absorbant doté d'une membrane en nylon, une tache rouge claire indique la présence de salmonelles dans l'échantillon testé. L'équipe a également testé la spécificité de son système et a constaté qu'il ne détectait pas faussement la présence d'autres bactéries contenant de l'ARNse H.
Les auteurs soulignent que le test est non seulement beaucoup moins complexe que les autres méthodes de détection des salmonelles, mais aussi beaucoup plus rapide. Contrairement à d'autres méthodes, il suffit d'une heure d'incubation dans une pointe de pipette pour obtenir une détection très sensible des salmonelles, par exemple, dans le bœuf haché. À l'avenir, l'équipe envisage de développer d'autres sondes d'acide nucléique capables de détecter spécifiquement d'autres agents pathogènes infectieux, par exemple des bactéries coliformes telles que E. coli.
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