Un simple écouvillon nasal peut fournir une alerte précoce sur les virus émergents
Le test d'une seule molécule du système immunitaire sur des écouvillons nasaux peut aider à détecter des virus furtifs non identifiés par les tests standard.
Comme l'a montré la pandémie de COVID-19, de nouveaux virus potentiellement dangereux peuvent commencer à se propager dans la population bien avant que le système mondial de surveillance de la santé publique ne puisse les détecter.
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Cependant, des chercheurs de Yale ont découvert que la détection d'une seule molécule du système immunitaire sur des écouvillons nasaux peut aider à détecter des virus furtifs qui ne sont pas identifiés par les tests standard, rapportent-ils le 3 janvier dans la revue Lancet Microbe.
"Trouver un nouveau virus dangereux revient à chercher une aiguille dans une botte de foin", a déclaré Ellen Foxman, professeur associé de médecine de laboratoire et d'immunobiologie et auteur principal de l'étude. "Nous avons trouvé un moyen de réduire considérablement la taille de la botte de foin".
Les responsables de la santé publique se tournent généralement vers quelques sources pour détecter les signes avant-coureurs d'une maladie émergente. Ils étudient les virus émergents chez les animaux qui peuvent transmettre l'infection à l'homme. Mais il est difficile de déterminer lesquelles des centaines, voire des milliers, de nouvelles variantes virales représentent un véritable danger. Et ils recherchent les épidémies d'affections respiratoires inexpliquées, c'est ainsi que le SRAS-Cov-2, le virus à l'origine du COVID-19, a été découvert en Chine fin 2019.
Cependant, lorsqu'une épidémie d'un nouveau virus se produit, il peut être trop tard pour contenir sa propagation.
Pour la nouvelle étude, Foxman et son équipe sont revenus sur une observation faite dans son laboratoire en 2017, qui, selon eux, pourrait fournir une nouvelle façon de surveiller les agents pathogènes inattendus. Les écouvillons nasaux sont couramment prélevés sur des patients soupçonnés d'infections respiratoires et sont testés pour détecter les signatures spécifiques de 10 à 15 virus connus. La plupart des tests sont négatifs. Mais comme l'équipe de Foxman l'a observé en 2017, dans quelques cas, les écouvillons des personnes dont les tests étaient négatifs pour les virus "suspects habituels" présentaient tout de même des signes d'activation des défenses antivirales, indiquant la présence d'un virus. Le signe révélateur était un niveau élevé d'une seule protéine antivirale fabriquée par les cellules qui tapissent les voies nasales.
Sur la base de cette découverte, les chercheurs ont appliqué des méthodes de séquençage génétique complet à d'anciens échantillons contenant la protéine et, dans l'un d'entre eux, ils ont découvert un virus de la grippe inattendu, appelé grippe C.
Les chercheurs ont également utilisé cette même stratégie consistant à tester à nouveau d'anciens échantillons pour rechercher des cas manqués de COVID-19 au cours des deux premières semaines de mars 2020. Alors que des cas de ce virus avaient fait surface dans l'État de New York à peu près à la même époque, les tests n'ont été disponibles que plusieurs semaines plus tard. Des centaines d'échantillons d'écouvillons nasaux prélevés sur des patients de l'hôpital de Yale-New Haven pendant cette période avaient été testés négatifs pour les virus de signature standard. Lorsqu'ils ont été testés pour le biomarqueur du système immunitaire, la grande majorité de ces échantillons n'ont montré aucune trace d'activité du système de défense antivirale. Mais quelques-uns l'ont fait ; parmi ceux-ci, l'équipe a trouvé quatre cas de COVID-19 qui n'avaient pas été diagnostiqués à l'époque.
Les résultats révèlent que le dépistage d'une protéine antivirale fabriquée par l'organisme, même si les tests de dépistage de virus respiratoires connus sont négatifs, peut aider à identifier les écouvillons nasaux les plus susceptibles de contenir des virus inattendus.
Plus précisément, le dépistage du biomarqueur peut permettre aux chercheurs de réduire la recherche d'agents pathogènes inattendus, ce qui rend possible la surveillance de virus inattendus à l'aide d'écouvillons recueillis lors des soins de routine aux patients. Les échantillons qui possèdent le biomarqueur peuvent être analysés à l'aide de méthodes de test génétique plus complexes afin d'identifier les agents pathogènes inattendus ou émergents qui circulent dans la population des patients et de déclencher une réaction de la communauté des soins de santé.
Note: Cet article a été traduit à l'aide d'un système informatique sans intervention humaine. LUMITOS propose ces traductions automatiques pour présenter un plus large éventail d'actualités. Comme cet article a été traduit avec traduction automatique, il est possible qu'il contienne des erreurs de vocabulaire, de syntaxe ou de grammaire. L'article original dans Anglais peut être trouvé ici.
Publication originale
Nasal host response-based screening for undiagnosed respiratory viruses: a pathogen surveillance and detection study; The Lancet Microbe; 2023
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