Un juego de herramientas agiliza y hace más accesible el diseño de proteínas
Lo que antes llevaba semanas, ahora se puede hacer en un día o menos
Investigadores del Instituto Max Planck de Biología de Tubinga, la Universidad de Tubinga y el Hospital Universitario de Tubinga han desarrollado un conjunto de herramientas web para acelerar y simplificar el diseño de proteínas sin necesidad de potentes ordenadores ni amplios conocimientos de diseño de proteínas por parte del usuario. El conjunto de herramientas ofrece a sus usuarios múltiples herramientas de diseño, análisis rápidos, interpretación sencilla y resultados descargables. Su marco, publicado en Nucleic Acids Research, ofrece un recurso completo para la comunidad de investigadores biológicos.
El servidor Damietta integra a la perfección diferentes herramientas de diseño de proteínas y proporciona su interoperabilidad. Imagen adaptada de Nucleic Acids Res, gkae297, https://doi.org/10.1093/nar/gkae297
© Dr. Kateryna Maksymenko / Max-Planck-Institut für Biologie Tübingen
El diseño de proteínas con funciones novedosas es un paso crucial en muchas áreas de la investigación biomédica. A menudo, el proceso de diseño de proteínas ha sido complejo y ha requerido una potencia de cálculo y unos conocimientos técnicos considerables, lo que ha limitado su aplicabilidad y accesibilidad a un abanico más amplio de investigadores.
El conjunto de herramientas de diseño de proteínas Damietta aborda estos retos ofreciendo una plataforma web que integra varias herramientas de diseño de proteínas. Dicha plataforma se inspira en el kit de herramientas bioinformáticas MPI, que simplifica enormemente los flujos de trabajo bioinformáticos, y está alojada en el Departamento de Evolución de Proteínas del Instituto Max Planck de Biología de Tubinga, dirigido por el profesor Andrei Lupas, que ha apoyado el desarrollo del nuevo kit de herramientas de diseño de proteínas.
"La interfaz de Damietta, de fácil manejo, la convierte en una potente herramienta para investigadores de todos los niveles de experiencia", afirma la Dra. Kateryna Maksymenko, investigadora del Departamento de Evolución de Proteínas del Instituto Max Planck de Biología de Tubinga. "Este conjunto de herramientas acelera significativamente el diseño de proteínas, impulsando los descubrimientos y las aplicaciones clínicas directas en biomedicina".
A diferencia de los métodos basados en el aprendizaje automático, Damietta se basa en principios físicos bien establecidos, lo que garantiza resultados generalizables, precisos e interpretables.
El servidor Damietta simplifica el proceso de diseño de proteínas para los usuarios al ofrecer:
- Cálculos más rápidos y precisos. Lo que antes llevaba semanas ahora puede completarse en un día o menos.
- Interfaz gráfica intuitiva, que permite a los investigadores con poca experiencia en el diseño de proteínas utilizar el conjunto de herramientas de forma eficaz.
- Mayor transparencia al ofrecer resultados claros e interpretables, lo que permite a los investigadores comprender las interacciones físicas subyacentes que influyen en las proteínas diseñadas.
Mayor potencial para nuevas aplicaciones biomédicas y terapéuticas
Anteriormente, el software Damietta demostró su eficacia diseñando dos clases de proteínas para el tratamiento del cáncer. El equipo también utiliza el software para desarrollar proteínas útiles para diversos trastornos, como la insuficiencia de la médula ósea y la leucemia.
Los usuarios actuales pueden esperar futuras actualizaciones, ya que los investigadores están desarrollando activamente Damietta para permitir la configuración de entornos de membrana y la incorporación de aminoácidos no estándar y pequeñas moléculas.
Nota: Este artículo ha sido traducido utilizando un sistema informático sin intervención humana. LUMITOS ofrece estas traducciones automáticas para presentar una gama más amplia de noticias de actualidad. Como este artículo ha sido traducido con traducción automática, es posible que contenga errores de vocabulario, sintaxis o gramática. El artículo original en Inglés se puede encontrar aquí.
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