QconCAT - Eine neue Technologie zur absoluten Quantifizierung von Proteinen

01.09.2005

Die Entelechon GmbH aus Regensburg bringt mit QconCAT eine Technologie zur absoluten Quantifizierung von Proteinen auf den Markt. Die Technologie erlaubt die absolute Mengenbestimmung von Proteinen aus Zellextrakten, Proteomen und Subproteomen verschiedener Zielorganismen.

In Forschung und Wissenschaft ist eine Quantifizierung von Proteinen bisher meist nur relativ durch den Vergleich unterschiedlicher Proteinexpressionsstadien möglich. Bisherige Methoden zur absoluten Quantifizierung basieren beispielsweise auf einer Ausdünnung stabiler Isotope und der gleichzeitigen Bestimmung repräsentativer, proteolytischer Peptide und ihrer Isotopen-markierten Analoge. Dennoch ist diese Methode durch fehlende Standardsignatur-Peptide in definierter Menge eingeschränkt. Die in Zusammenarbeit mit der Entelechon GmbH von Prof. Rob Beynon (Universität Liverpool), Prof. Simon Gaskell (Universität Manchester) und Dr. Julie Pratt entwickelte Methode zur Proteinquantifizierung bedient sich dabei trypsinierter Peptide, die einzelne zu untersuchende Proteine des Zielorganismus repräsentieren.

Für diese Proteine wird eine Reihe von Referenzpeptiden in einem künstlichen Gen (QconCAT) kodiert und als Peptid-Konkatamer isotopenmarkiert in Escherichia coli exprimiert. Die künstliche QconCATGensequenz wird dabei für den Zielorganismus optimiert und synthetisch hergestellt. Es werden passende Q-Peptide des zu untersuchenden Proteinpools ausgewählt und auf DNA-Ebene hintereinandergeschaltet. Zusätzliche N- und C-terminale Erweiterungen des künstlichen Peptidkonkatamers kodieren Sequenzdaten zum Schutz des Konkatamers vor Abbau, zur anschließenden Aufreinigung des Proteins und zur absoluten Quantifizierung des Konkatamers. Diese Quantifizierung erlaubt in nur einem Schritt die Mengenbestimmung aller enthaltenen Peptide und ermöglicht dadurch eine kostengünstige Produktion von Referenzpeptiden.

Das Protein kann Isotopen-markiert hergestellt werden und direkt als interner Standardmarker für die absolute Quantifizierung eines Zellpräparates in der Massenspektrometrie eingesetzt werden. Alternativ kann ein Referenzstamm als indirekter Quantifizierungsstandard - infolge einer absoluten Quantifizierung seines gesamten Proteoms - für alle weiteren Proteinmengenbestimmungen dieses Zielorganismus verwendet werden.

https://www.bionity.com/de/news/48723/qconcat-eine-neue-technologie-zur-absoluten-quantifizierung-von-proteinen.html