Ausbau des RZPD Affymetrix-Service
Neuer GeneChip® Scanner verfügbar sowie Small Sample-Protokoll etabliert
Das RZPD Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung GmbH weitet seine Dienstleistungen rund um die Auswertung von DNA-Chips des Microarray-Weltmarkführers Affymetrix weiter aus. Im Rahmen des weltweit von nur sechs exklusiven Service-Anbietern verfügbaren Affymetrix-Screening-Services erreicht das RZPD durch Einsatz des neuen GeneChip® Scanner 3000 eine dreifach bessere Auflösung als bislang möglich. Dies ermöglicht eine schnellere, kostengünstigere und technisch optimierte Analyse der Genexpression.
Die Verbesserte Analysentechnologie ermöglicht die Auswertung neuester Affymetrix-DNA-Chips, wie dem im Oktober 2003 vorgestellten ersten Microarray (Human-Chip U133 Plus 2.0), der sämtliche bekannten Gene des Menschen repräsentiert.
Das RZPD bietet im Rahmen der seit 2001 bestehenden Kooperation mit Affymetrix an, alle Affymetrix-Katalog- und Custom GeneChips® für Genexpressionsanalysen bei eukaryotischen und prokaryotischen Organismen zu analysieren. Das Angebot wird durch weitere Dienstleistungen ergänzt. Bei Bedarf wird auch die Synthese der Biotin-markierten Proben am RZPD durchgeführt.
Neben dem Standardprotokoll, das mindestens 5 µg Gesamt-RNA als Ausgangsmaterial für die Probensynthese benötigt, wurde jetzt ein Small Sample-Protokoll etabliert. Dabei reichen 50 ng Gesamt-RNA, um durch zwei aufeinanderfolgende Amplifizierungen eine ausreichende Menge qualitativ hochwertiger cRNA für die Hybridisierung mit einem Affymetrix GeneChip® zu produzieren. Die Affymetrix-Technologie ist dadurch auch in experimentellen Situationen verfügbar, bei denen die RNA-Ausgangsmenge den limitierenden Faktor darstellt, zum Beispiel bei durch Biopsien oder Laser-Mikrodissektion isoliertem Probenmaterial. Allerdings muss dabei berücksichtigt werden, dass aufgrund der doppelten Anzahl von Syntheseschritten die technische Variabilität eines Small Sample-Protokolls höher ist als diejenige des Standardprotokolls.
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