Screening auf einzelne Bakterienarten in Bioproben vereinfacht

Methode spart Zeit und Kosten bei der Analyse von komplexen mikrobiologischen Proben

30.03.2023 - Deutschland

In der medizinischen Forschung und Diagnostik rückt das Mikrobiom, also die mikrobielle Besiedlung etwa des Darms zunehmend ins Blickfeld. Über eine Stuhlprobe lässt sich das komplexe mikrobielle Ökosystem des Darms genau analysieren. Dazu gibt es prinzipiell zwei Verfahren: die klassische Anzucht auf Platten mit spezifischen Nährmedien oder die recht teure DNA-Analyse der Stuhlprobe. Beide Methoden für sich genommen sind unbefriedigend, wenn es darum geht, schnell eine spezielle Bakterienart in der Probe nachzuweisen. Um gezielt Lactobacillen, Bifidobakterien und Bacteroides in Stuhlproben aufzuspüren und zu kultivieren entwickelten Forschende des Graduiertenkollegs (GRK) Translationale Evolutionsforschung (TransEvo) an der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel (CAU) eine schnelle und robuste Screening-Methode. Die Ergebnisse veröffentlichten sie in der Fachzeitschrift Current Microbiology. „Unser Verfahren ist kostengünstiger und schneller als alternative Methoden, die normalerweise verwendet werden, um Bakterien in komplexen mikrobiologischen Proben zu identifizieren und zu isolieren“, erklärt Erstautorin Sofia Borges, Doktorandin am Institut für Mikrobiologie und Biotechnologie des Max-Rubner-Instituts in Kiel. „Die Methode eignet sich insbesondere zum Screening auf bestimmte Bakterienarten, für die es kein exklusives Nährmedium gibt“, ergänzt Professor Charles Franz, Leiter des Instituts und außerplanmäßiger Professor an der Agrar- und Ernährungswissenschaftlichen Fakultät der CAU. „Wir ersparen uns mit diesem Verfahren langwierige Prozeduren, um reine Bakterienarten aus potenziell nicht reinen Kulturen zu separieren und sie zu identifzieren.“

Bakterienkultur ist häufig nicht selektiv

Unter Bakterienkultur versteht man die Anzucht von Mikroorganismen auf einem Nährboden unter kontrollierten Bedingungen, zum Beispiel der Temperatur. Die Wahl des Nährmediums richtet sich danach, welche Bakterienart in der Probe gesucht wird. Selektive Wachstumsmedien fördern nur das Wachstum einer bestimmten Art, während andere in der Probe enthaltener Arten in ihrem Wachstum gehemmt werden. Wenn die gesuchte Art in der Probe enthalten ist, wächst diese zu einer Kolonie heran. Das ist der Idealfall. Häufig sind die Nährböden jedoch nicht ausschließlich für eine einzige Art selektiv, sondern lassen auch einige andere Bakterienarten wachsen.

„In dieser Arbeit haben wir uns auf Bifidobakterien, Laktobacillen und Bacteroides konzentriert“, sagt Borges. Bifidobakterien und Laktobacillen deshalb, weil sie für die Darmgesundheit relevant seien, aber normalerweise nicht in großer Zahl im Darm vorkämen. Daher gelingt es selbst mit teilweise selektiven Medien manchmal nicht, diese Bakterien zu kultivieren. Bacteroides wurden in der Studie als Beispiel für eine Gram-negative Art aufgenommen, die ebenfalls für die Darmgesundheit wichtig ist und von den Koautorinnen und Koautoren der Studie weiter untersucht wird.

Nachweis reiner Kolonien trotz fehlender Aufreinigung

Das Prinzip der Methode beruht auf der Kultivierung mittels drei verschiedenen Selektivmedien, DNA-Extraktion, PCR-Analyse eines bestimmten Gens und Sequenzierung. Sechs Stuhlproben von gesunden Personen wurden zum Testen dieser Methode verwendet. Die Kultivierung erfolgte in einer anaeroben Kammer (ohne Sauerstoff) über 48 Stunden bei 37 Grad Celsius. Danach wurden gut voneinander getrennte Einzelkolonien für die Isolierung der Bakterien ausgewählt. Die einzelnen Kolonien wurden gemäß des Studienprotokolls untersucht. In allen 180 Kolonien konnte die enthaltenen Bakterienarten identifiziert werden. Die meisten Kolonien konnten einer einzigen Spezies zugeordnet werden, obwohl die verwendeten Selektivmedien nicht nur das Wachstum der Zielbakterien begünstigten, sondern auch einige andere Arten wachsen ließen. „Einige unserer Kolonien enthielten bis zu drei verschiedene Bakterienarten. Wir waren aber positiv überrascht, dass die meisten Kolonien rein waren, trotz minimaler Kultivierung und ohne Aufreinigung durch wiederholtes Ausstreichen von Kolonien“, erklärt Borges.

Ihr Arbeitsgruppenleiter Charles Franz resümiert: „Unsere neue Methode ermöglicht es, Einblick in die Reinheit der vorhandenen Kolonien auf Agarplatten zu erhalten und die darin enthaltenen Bakterien genau zu identifizieren. Sie kann daher nützlich sein, um einen schnellen, kostengünstigen und robusten Überblick über die aus komplexen mikrobiologischen Proben gewonnenen Bakterien zu erhalten, bevor diese für weitere Studien ausgewählt werden.“

Originalveröffentlichung

Borges, A.S.G., Basu, M., Brinks, E. et al. Fast Identification Method for Screening Bacteria from Faecal Samples Using Oxford Nanopore Technologies MinION Sequencing. Curr Microbiol 80, 101 (2023)

https://www.bionity.com/de/news/1180002/screening-auf-einzelne-bakterienarten-in-bioproben-vereinfacht.html

Originalveröffentlichung

Borges, A.S.G., Basu, M., Brinks, E. et al. Fast Identification Method for Screening Bacteria from Faecal Samples Using Oxford Nanopore Technologies MinION Sequencing. Curr Microbiol 80, 101 (2023)

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