Corona-Genomsequenzierung: Start-up „nanozoo“ startet Portal zur kostenlosen Datenanalyse
Das mitteldeutsche Start-up „nanozoo“ – Mitglied des InfectoGnostics Forschungscampus Jena – bietet ein Portal für die kostenlose Analyse und Aufbereitung von Rohdaten aus der Genomsequenzierung von SARS-CoV-2-Isolaten an. Binnen weniger Stunden werden die Daten angemeldeter Nutzer aufbereitet und zur Verfügung gestellt. Die resultierenden Genomsequenzen werden anhand der durch das Robert Koch-Institut definierten Qualitätsmetriken geprüft, die Auskunft darüber geben, ob ein Datensatz den Qualitätsstandards für die Übermittlung an das Bundesinstitut entspricht.
Die drei Gründer von "nanozoo": Martin Hölzer, Christian Brandt, Adrian Viehweger (v.l.)
nanozoo
Das Portal nanozoo.cloud live, das Labore bei der Aufbereitung von Rohdaten aus „MinION“ Genomsequenzierungen unterstützt. Mit einem nachfolgenden Update können ebenfalls „Illumina“-Daten analysiert werden. Für Rohdaten aus der Sequenzierung von SARS-CoV-2-Proben wird der Service kostenlos für angemeldete Nutzer aus Deutschland zur Verfügung gestellt. „Für uns ist das eine Möglichkeit unser neu entwickeltes Portal einem Stresstest zu unterziehen und zugleich einen Beitrag zur Bekämpfung der Corona-Pandemie zu leisten. Für die Labore entfällt hingegen ein sonst sehr zeitaufwendiger, manueller Schritt bis zu einem verwertbaren Ergebnis“, erläutert Dr. Christian Brandt, Molekularbiologe am Institut für Infektionsmedizin und Krankenhaushygiene des Universitäts-klinikums Jena und einer der drei Firmengründer.
Die vollständige Analyse und Aufbereitung der Rohdaten dauert – je nach Größe des Datensatzes – lediglich zwischen 30 Minuten und wenigen Stunden. Dabei gehören die Daten weiterhin vollständig den einreichenden Nutzern und können anschließend selbstständig an das RKI übermittelt werden. Aufgrund der Gefahr nicht erkannter Corona-Mutationen hatte die Bundesregierung am 18. Januar zur Übermittlung von Genomsequenzdaten aus positiv auf SARS-CoV-2 getesteten Patientenproben aufgerufen und pro Sequenzierung eine Vergütung von 220 Euro ausgeschrieben bei entsprechender Genomqualität. Hierfür hat nanozoo auch eine Qualitäts-Metrik in dem Portal integriert, die Auskunft darüber gibt, ob die Daten den RKI-Qualitätsstandards genügen und sich für eine Übermittlung eignen.
Darüber hinaus waren die drei Unternehmer gemeinsam mit weiteren Partnern aus Berlin, Jena und Bad Langensalza an einer aktuellen, vorab veröffentlichten Studie beteiligt, in der das SARS-CoV-2-Genom aus Thüringer Stichproben mit in Deutschland, Europa und weltweit verbreiteten Viruslinien verglichen wurde.
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