GATC Biotech ist maßgeblich an Entschlüsselung des Erbguts von Pflanzenschädlingen beteiligt

Erstmalig geben detaillierte Informationen des Transkriptoms Aufschluss über Zerstörungsmechanismen bei Nutzpflanzenpathogenen

16.11.2012 - Deutschland

GATC Biotech AG hat in Zusammenarbeit mit dem Max-Planck-Institut (MPI) für Pflanzenzüchtungsforschung in Köln die genetische Grundlage des fungalen Krankheitserregers Colletotrichum graminicola entschlüsselt. Die Ergebnisse zeigen, dass die Genexpression der Pilze eine entscheidende Rolle beim Krankheitsbefall von Nutzpflanzen einnimmt. Mit den erworbenen Erkenntnissen verfolgt das internationale Großprojekt das Ziel eines verbesserten Pflanzenschutzes.

Seit 2008 waren Wissenschaftler weltweit an diesem Großprojekt beteiligt. Dabei wurden Genom und Transkriptom des Colletotrichum graminicola entschlüsselt und analysiert. Die detaillierten Informationen des Transkriptoms gaben dabei erstmals Aufschluss darüber, ob und zu welchem Zeitpunkt spezifische Gene beim Befall von Nutzpflanzen eingeschaltet sind.

Es zeigte sich, dass die Lebensweise des Krankheitserregers über Genausstattung und Genexpression entscheidet. „Die hohe Qualität der Sequenzierung hat uns erst diese bemerkenswerten Erkenntnisse ermöglicht“, so der Teamleiter des Projekts, Dr. Richard O’Connell. Diese Erkenntnisse sind grundlegend für die zukünftige rationale Pflanzenzüchtung und die wissenschaftliche Entwicklung von Bekämpfungsmethoden gegen den Krankheitserreger.

„Wir haben weitgehend mit Next Gen Sequenziertechnologien gearbeitet, deren Entwicklung sich zu diesem Zeitpunkt noch im Frühstadium befand, und nur zu einem Bruchteil Sanger Technologie eingesetzt. Dies machte das Projekt zu einer herausfordernden und lohnenswerten Aufgabe“, so Dr. Christopher Bauser, Senior Scientific Project Specialist der GATC Biotech.

Die Herausforderung in der Sequenzierung lag zum einen in der breiten Anwendung verschiedener DNA-Vorbereitungsmethoden und Sequenziertechnologien. Die Rohdaten wurden de novo assembliert, ohne auf ein ähnliches Referenzgenom zurückzugreifen.

Originalveröffentlichung

Richard J. O’Connell et al.; "Lifestyle transitions in plant pathogenic Colletotrichum fungi deciphered by genome and transcriptome analyses."; Nature Genetics 2012.

https://www.bionity.com/de/news/140512/gatc-biotech-ist-massgeblich-an-entschluesselung-des-erbguts-von-pflanzenschaedlingen-beteiligt.html

Originalveröffentlichung

Richard J. O’Connell et al.; "Lifestyle transitions in plant pathogenic Colletotrichum fungi deciphered by genome and transcriptome analyses."; Nature Genetics 2012.

Themen

Colletotrichum graminicola Genexpression Genome Transkriptome Next-Generation-Sequenzierung

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Organisationen

Eurofins MPI für Pflanzenzüchtungsforschung