L'analyse rapide du génome d'un lévrier Whippet établit une nouvelle norme pour la recherche sur la biodiversité
"Nous démontrons que nous pouvons obtenir et analyser des informations complètes sur le génome en quelques jours, et non en quelques mois
L'appauvrissement continu de la biodiversité à l'échelle mondiale rend de plus en plus nécessaire la collecte et l'analyse rapides d'informations génétiques sur les espèces menacées. Dans le cadre d'un projet commun, le département de génétique humaine de l'Institut de diagnostic médical Bioscientia GmbH à Ingelheim am Rhein et le Centre LOEWE pour la génomique translationnelle de la biodiversité (LOEWE-TBG) à Francfort, tous deux en Allemagne, ont séquencé et analysé le génome complet d'un lévrier Whippet en moins d'une semaine. Cette avancée pourrait avoir un impact durable sur la recherche génomique dans le domaine de la conservation des espèces et de la biodiversité. L'étude a été publiée dans la revue "GigaByte".
L'analyse du génome d'un lévrier, réalisée conjointement par l'Institut Bioscientia et le LOEWE Centre TBG, a fait appel à une nouvelle technologie : des génomes entiers sont séquencés de manière très précise et en longues sections, appelées "long reads". Ce résultat a été obtenu en un temps record à l'aide de l'exemple du Whippet, l'un des animaux terrestres les plus rapides. Il ne s'agit pas seulement d'une réussite technique, mais d'un projet symbolique visant à relever le défi de l'extinction des espèces.
"Nous démontrons que nous pouvons obtenir et analyser des informations complètes sur le génome en quelques jours, et non en quelques mois", explique le professeur Hanno Bolz, directeur du département de génétique humaine de Bioscientia. La collaboration inédite entre les généticiens humains de Bioscientia et les chercheurs du LOEWE Centre TBG établit une nouvelle norme et fournit un outil efficace pour la recherche sur la biodiversité.
L'analyse rapide est de plus en plus importante pour la conservation des espèces menacées, car le temps presse face à la perte rapide de la biodiversité. "Avec de tels projets, nous pouvons rapidement fournir des informations génétiques importantes sur les espèces menacées. Cela nous aide non seulement à comprendre leurs adaptations évolutives, mais aussi à élaborer des mesures de conservation ciblées", explique le Dr Carola Greve, responsable du laboratoire du LOEWE Centre TBG. Outre le projet Whippet, une autre étude menée conjointement par les deux partenaires de recherche sur le loir de jardin, une espèce menacée, sera publiée prochainement. Plusieurs autres projets de séquençage communs sont déjà en cours.
Au département de génétique humaine de l'Institut Bioscientia, une centaine d'experts analysent chaque année des milliers de génomes ainsi que les régions des génomes codant pour les protéines, appelées exomes, afin d'identifier les causes de maladies génétiques rares chez des patients du monde entier. Bioscientia est le premier laboratoire à appliquer la méthode innovante de séquençage du génome "long read" utilisée dans l'étude sur les lévriers aux diagnostics génétiques humains. Cette méthode permettra d'identifier plus efficacement les maladies génétiques chez l'homme, ce qui pourrait améliorer considérablement les possibilités de traitement.
Les scientifiques du LOEWE Centre TBG, basé à la Senckenberg Society for Nature Research à Francfort-sur-le-Main, en Allemagne, séquencent les génomes de nombreux organismes non humains, des bactéries aux baleines. Ces données fournissent des informations précieuses sur les plantes et les animaux, dont beaucoup sont menacés, et permettent de mieux comprendre leurs relations biologiques, leur évolution et leur adaptation aux conditions environnementales. Ces informations sont utiles à la recherche fondamentale et appliquée, y compris à la gestion de la conservation.
Note: Cet article a été traduit à l'aide d'un système informatique sans intervention humaine. LUMITOS propose ces traductions automatiques pour présenter un plus large éventail d'actualités. Comme cet article a été traduit avec traduction automatique, il est possible qu'il contienne des erreurs de vocabulaire, de syntaxe ou de grammaire. L'article original dans Anglais peut être trouvé ici.
Publication originale
Marcel Nebenführ, David Prochotta, Alexander Ben Hamadou, Axel Janke, Charlotte Gerheim, Christian Betz, Carola Greve, Hanno Jörn Bolz; "High-speed whole-genome sequencing of a Whippet: Rapid chromosome-level assembly and annotation of an extremely fast dog’s genome"; Gigabyte, Volume 2024, 2024-9-13
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