Ebauche du protéome de la souris basée sur la spectrométrie de masse
Une étape importante pour la recherche biomédicale
Les protéines contrôlent et organisent presque tous les aspects de la vie. La totalité de toutes les protéines d'un organisme vivant, d'un tissu ou d'une cellule est appelée le protéome. Grâce à la spectrométrie de masse, les chercheurs de l'Université technique de Munich (TUM) caractérisent le protéome, ou complément protéique du génome, dans d'importants organismes modèles. En 2014, une équipe de la chaire de protéomique et de bioanalyse a rapporté pour la première fois une ébauche de protéome humain, suivie de celle de la plante modèle Arabidopsis thaliana en 2020, et maintenant de celle de la souris de laboratoire la plus courante.
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La souris de laboratoire fait partie des systèmes expérimentaux les plus importants pour la recherche biomédicale et les cartes de référence moléculaires de ces modèles sont des outils d'information essentiels. "Nous présentons une ébauche quantitative du protéome et du phosphoprotéome de la souris construite à partir de 41 tissus sains. Ces molécules sont des régulateurs cellulaires des processus normaux et pathologiques", explique Bernhard Küster, professeur de protéomique et de bioanalyse.
Les protéomes des humains, des animaux et des plantes présentent de nombreuses similitudes
Les chercheurs montrent maintenant, dans une publication de Nature Methods, quelles informations peuvent être tirées de ces données. Par exemple, les profils résolus des tissus et des types de cellules fournissent des preuves protéiques de l'expression de 17 000 gènes et de milliers d'isoformes, des protéines issues du même gène mais dont la structure diffère.
En outre, 50 000 sites de phosphorylation ont pu être trouvés. Il s'agit de parties spécifiques et particulièrement importantes des protéines qui régulent les processus dans la cellule. En d'autres termes, les travaux de recherche fournissent des informations sur le nombre des quelque 20 000 gènes de la souris qui existent sous forme de protéines, sur leur lieu d'expression, sur leur quantité et sur leur degré d'activité.
La comparaison protéogénomique de la souris, de l'homme et d'Arabidopsis révèle des mécanismes communs et distincts de régulation de l'expression des gènes et, malgré de nombreuses similitudes, de nombreux orthologues différentiellement abondants qui remplissent probablement des fonctions spécifiques à chaque espèce. "Nous avons exploité le protéome de la souris en intégrant plus de 400 ensembles de données phénotypiques sur la réponse aux médicaments et aux radiations aux protéomes de 66 lignées cellulaires d'adénocarcinome du canal pancréatique (PDAC) afin de révéler les marqueurs moléculaires de la sensibilité et de la résistance aux médicaments", explique Piero Giansanti, Ph.D., premier auteur de l'étude.
Catalogue de protéines disponible gratuitement
Cet atlas unique complète d'autres ressources moléculaires pour la souris. Ces informations sont disponibles gratuitement dans les bases de données en ligne ProteomicsDB et PACiFIC.
Note: Cet article a été traduit à l'aide d'un système informatique sans intervention humaine. LUMITOS propose ces traductions automatiques pour présenter un plus large éventail d'actualités. Comme cet article a été traduit avec traduction automatique, il est possible qu'il contienne des erreurs de vocabulaire, de syntaxe ou de grammaire. L'article original dans Anglais peut être trouvé ici.
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