Omicron-Mutationen existierten bei infizierten Patienten bereits Monate, bevor sie dominant wurden
Ein ultra-tiefes Sequenzierungsverfahren zum Nachweis von viralen Sequenzen, die mit herkömmlichen Methoden nicht nachweisbar sind
Forscher des CSIC haben in Zusammenarbeit mit der Fundación Jiménez Díaz herausgefunden, dass Patienten, die während der dritten Welle der Covid19-Pandemie (zwischen Januar und März 2021) geimpft und mit der Alpha-Variante infiziert wurden, bereits Mutationen aufwiesen, die für die Delta-Plus-, Iota- und Omicron-Varianten charakteristisch sind. In dieser interdisziplinären Studie, die im Journal of Clinical Investigationveröffentlicht wurde, wurden zum ersten Mal in Spanien Nasen-Rachen-Abstrichproben von Patienten, die während der dritten Pandemiewelle geimpft und anschließend infiziert wurden, eingehend analysiert.
Wiederholung der SARS-Cov-2-Infektion.
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Diese Studie war möglich dank früherer Arbeiten zur Entwicklung einer leistungsstarken ultratiefen Sequenzierungsmethode, die den Nachweis mutierter viraler Sequenzen in sehr geringen Anteilen ermöglicht, die mit den üblichen flachen Sequenzierungstechniken nicht nachweisbar sind. "Von jeder analysierten Probe und von jedem analysierten Stück Virus erhalten wir viele Tausende von Sequenzen. Auf diese Weise können wir Mutationen mit unterschiedlicher Häufigkeit aufspüren, die bei einem infizierten Patienten koexistieren", erklärt Celia Perales, Forscherin am Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC) und dem Instituto de Investigación Sanitaria de la Fundación Jiménez Díaz.
Die Ergebnisse haben gezeigt, dass die Patienten zwar mit der Alpha-Variante infiziert waren, die zu diesem Zeitpunkt (zwischen Januar und März 2021) vorherrschend war, dass aber Veränderungen, die der Delta-Plus-, Iota- und Omicron-Variante entsprechen, in diesen Proben bereits Monate vor ihrer epidemiologischen Relevanz vorhanden waren.
"Diese Arbeit unterstreicht die Notwendigkeit, Viruspopulationen mit hoher Auflösung und in der Tiefe zu analysieren, um einen Überblick über die vielen Mutanten zu erhalten, die in jedem infizierten Individuum koexistieren", sagt Esteban Domingo, Forscher am Severo Ochoa Zentrum für Molekularbiologie (CBMSO-CSIC-UAM). Diese Analysen könnten es uns ermöglichen, potenziell relevante Mutationen oder Mutationssätze aufzuspüren, bevor sie Teil gefährlicher Varianten werden.
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Originalveröffentlichung
B Martínez-González, L Vázquez-Sirvent, M E Soria, P Mínguez, L Salar-Vidal, C García-Crespo, I Gallego, A Il de Ávila, C Llorens, B Soriano, R Ramos-Ruiz, J Esteban, R Fernandez-Roblas, I Gadea, C Ayuso, J Ruíz-Hornillos, C Pérez-Jorge, E Domingo, C Perales; "Vaccine-breakthrough infections with SARS-CoV-2 Alpha mirror 3 mutations in Delta Plus, Iota and Omicron."; Journal of Clinical Investigation 2022.
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