Computertool vereint Informationen aus der ganzen Welt über die atomare Struktur des Coronavirus
Web-Anwendung verfolgt und integriert internationale Informationsquellen zu SARS-CoV-2
Forscher des Spanischen Nationalen Forschungsrats (CSIC) im Nationalen Zentrum für Biotechnologie (CNB-CSIC) haben der wissenschaftlichen Gemeinschaft ein Computertool zur Verfügung gestellt, das Datenbanken verfolgt und mehrere Informationsquellen über das Coronavirus SARS-CoV-2, das die Covid-19-Pandemie verursachte, gemeinsam nutzt. Dieses neue Analysewerkzeug, genannt 3DBionotes-Covid, integriert all diese Informationen in eine interaktive dreidimensionale Umgebung auf atomarer Ebene. Dieser neue Antrag zeigt die wesentliche Rolle der Forschungsinfrastrukturen des Europäischen Strategischen Forums (ESFRI) und die spanische Beteiligung an ihnen, da ihre Entwicklung aus dem Zusammentreffen von zwei dieser großen Infrastrukturen, Instruct (im Rahmen der Strukturbiologie) und ELIXIR (in der Bioinformatik), deren Partner Spanien ist, im CNB-CSIC entsteht. Die Anwendung ist sowohl über das CNB-CSIC als auch über die spanischen Knotenpunkte von Instruct und Elixir erhältlich.
Struktur des Proteintrimers, das die Spikula des SARS-CoV-2-Virus bildet, erhalten durch Kryo-Elektronenmikroskopie.
Equipo McLellan
"3DBionotes-Covid 19 greift auf Datenbanken zu, die verschiedene atomare Modelle viraler Proteine enthalten (experimentell oder rechnerisch vorgeschlagen), sowie auf mehrere Datenbanken mit Merkmalen der an diesen atomaren Modellen beteiligten Proteine. Das Ziel besteht darin, dass der Forscher immer zwischen Strukturen und Merkmalen "navigieren" kann, indem er interaktiv Data Mining in einem komplexen und mehrdimensionalen Raum durchführen kann", erklärt der für dieses Projekt verantwortliche CSIC-Professor Jose María Carazo.
Obwohl natürlich der größte Teil der Informationssuche automatisch erfolgt, ist der Fall von Covid-19 so einzigartig, dass die Forscher am CNB-CSIC die in verschiedenen Dateien enthaltenen Informationen manuell integrieren mussten, z.B. die vom chinesischen nationalen Genomdatenzentrum generierten.
3DBionotes-Covid-19 enthält auch Informationen über Bindungsexperimente zwischen viralen Proteinen und kleinen Molekülen, die in der Zukunft Vorläufer der so erwünschten antiviralen Medikamente sein könnten.
"Mit der Schaffung von 3DBionotes-Covid wollen wir der internationalen wissenschaftlichen Gemeinschaft helfen, alle Informationen über Covid-19, die weltweit in rasantem Tempo generiert werden, besser zu verstehen. Insbesondere das, was nur dann in seiner Gesamtheit verstanden wird, wenn es sich auf die atomare Struktur seiner Bestandteile bezieht. Mit anderen Worten: 3DBionotes-Covid-19 wird das Risiko verringern, Informationen zu generieren und nicht zu erkennen, was sie bedeuten, indem es uns hilft, sie in ihrem strukturellen Kontext zu interpretieren", sagt Carazo.
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