Spleißstelle

Eine Spleißstelle bzw. Splice-Site stellt beim Splicing die Grenzen der Exons und Introns dar. Ihre Sequenz ist wenig konserviert, was eine Voraussage der Exons nur anhand der DNA-Sequenz fast unmöglich macht und eine große Herausforderung in der Bioinformatik darstellt. Diese Sequenzen werden durch die Splicemaschinerie (die snRNPS, siehe Spliceosom) spezifisch erkannt und herausgespleißt.

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In jedem Intron finden sich drei Sequenzbereiche die für die Prozessierung durch das Spliceosom wichtig sind: (1) die 5' splice site, (2) der Polypyrimidin-Trakt mit dem Branch-Point Adenosin und (3) die 3' Splice site.

Ein standard Intron beginnt an der 5' splice site meist mit GU und endet an der 3' Splice site meist auf AG. Es kommen jedoch häufig Abweichungen von dieser Sequenz vor. Insbesondere bei Introns, die durch das so genannte "Minor-Spliceosom" (siehe auch Spliceosom) prozessiert werden, tritt die Sequenz 5' AT - 3' AC auf, weshalb sie auch als ATAC-Introns bezeichnet werden.