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DNA-SequenzanalyseEine DNA-Sequenzanalyse ist in der Molekularbiologie und Bioinformatik die automatisierte, computergestützte Bestimmung von charakteristischen Abschnitten, insbesondere Genen, auf einer DNA-Sequenz. Untersucht werden die bei der DNA-Sequenzierung gewonnenen Informationen über die Abfolge und Position der Basenpaare. Die Resultate dieser Tätigkeit werden auch Annotationen genannt, wobei sich die Sequenzanalyse nicht nur auf Annotationsmethoden beschränkt. Weiteres empfehlenswertes FachwissenDie Analyse von DNA-Sequenzen wurde durch die Verfügbarkeit großer genomischer Datenmengen und der Notwendigkeit ihrer Interpretation bedingt. Viele der für Nukleotid-Sequenzen entwickelten Methoden lassen sich auch genauso oder mit geringfügigen Modifikationen auf Aminosäure-Sequenzen, also die Primärstruktur von Proteinen anwenden. Die Methoden, die zum überwiegenden Teil den so genannten Stringalgorithmen zuzurechnen sind, lassen sich – bei Vernachlässigung der Biologie-spezifischen Einschränkungen – sogar auf beliebige Symbolsequenzen übertragen. Sequenzanalysen können durch folgende Probleme motiviert werden:
AlgorithmenStringalgorithmenEine der häufigsten Problemstellungen ist die Suche nach bestimmten Teilsequenzen in einer Datenbank. Man kann entweder nach exakten Übereinstimmungen (String-Matching-Algorithmen) suchen oder nach allen ungefähren Entsprechungen innerhalb einer bestimmten Levenshtein-Distanz vom Suchstring. Im englischen Sprachraum werden diese Anpassungen zweier Strings sequence alignments genannt, was wiederum der ganzen Familie von Alignment-Algorithmen ihren Namen gab. Der Begriff setzt sich auch im Deutschen mehr und mehr in unübersetzter Form durch. Die weitaus bekanntesten Realisierungen von Alignments sind der Needleman-Wunsch-Algorithmus (globales Alignment), der Smith-Waterman-Algorithmus (lokales Alignment) und BLAST-Algorithmus (heuristisches paarweises Alignment). Kategorien: Gentechnologie | Bioinformatik | Biologische Untersuchungsmethode |
Dieser Artikel basiert auf dem Artikel DNA-Sequenzanalyse aus der freien Enzyklopädie Wikipedia und steht unter der GNU-Lizenz für freie Dokumentation. In der Wikipedia ist eine Liste der Autoren verfügbar. |