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PSORTPSORT ist eine Datenbank, die eine Vorhersage von Proteinlokalisationen in Zellen trifft. Dies geschieht durch Analyse der eingegebenen Aminosäuresequenz. Sequenzen, die charakteristisch für Sortiersignale sind (beispielsweise Länge der N-terminalen Region, der hydrophoben Region, Nettoladungen), werden mit bekannten Sortiersignalen verglichen. Daraus wird eine Lokalisationswahrscheinlichkeit für Zytoplasma, Periplasma, innere Membran und Außenmembran errechnet. Weiteres empfehlenswertes Fachwissen
AufbauPSORT besteht aus mehreren Subdatenbanken, aus denen man zunächst eine geeignete auswählen muss:
Ergebnisbeispiel1. Abschnitt: Wiederholung der Eingabesequenz 2. Abschnitt: Ergebnisse der Subprogramme (Auswahl)
Aufgrund von Sequenzvergleichen mit eingespeisten Aminosäuresequenzen wird eine Vorhersage getroffen, ob das eingegebene Protein ein Signalpeptid besitzt. Dies geschieht aufgrund der Länge der N-terminalen Region und aufgrund der Nettoladungen in dieser Region.
Weitere Methode zur Signalsequenzbestimmung, die auf der weight-matrix Methode beruht. Dabei werden die Input-Sequenzen an den Consensus-Sequenzen in der Nähe der möglichen Schnittstellen mit bekannten Signal-Sequenzen verglichen. (wird noch ergänzt) 3. Abschnitt: Lokalisationswahrscheinlichkeit (wird noch ergänzt) Hier werden die von den Subprogrammen errechneten Daten durch Algorithmen zu einer Lokalisationswahrscheinlichkeit zusammengerechnet. Angegeben werden die Orte mit den fünf höchsten Wahrscheinlichkeiten. Stärken und Schwächen
WebLinks
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Dieser Artikel basiert auf dem Artikel PSORT aus der freien Enzyklopädie Wikipedia und steht unter der GNU-Lizenz für freie Dokumentation. In der Wikipedia ist eine Liste der Autoren verfügbar. |