Liste sequenzierter Organismen
Unter sequenzierten Organismen versteht man Lebewesen, von deren Genom die Sequenz der Nukleinbasen (nahezu) vollständig bekannt ist. Teilweise liegen zu den DNA-Sequenzen auch schon vollständige Annotationen und Kartierungen der funktionalen Abschnitte (Gene, etc.) vor.
Mit Hilfe der modernen Techniken der Genomforschung wie der Polymerase-Kettenreaktion (PCR), der Hochdurchsatzsequenzierung und anderer Methoden geben immer mehr Organismen die Gesamtheit ihrer DNA-Sequenz und damit ihrer Gene preis. Man nennt die Ermittlung der Nukleinbasen-Sequenz auch DNA-Sequenzierung oder Genom-Sequenzierung. Seit 1995 wurden bereits mehr als 330 Genome sequenziert und beinah wöchentlich kommen neue hinzu. Inzwischen ist bereits die Sequenzierung von Individuen in Aussicht; die Firma 454 präsentierte im Juni 2007 James Watson seine Genomsequenz. Die Kosten sollen etwa eine Million US-Dollar betragen haben[1]
Besonders aufsehenerregend war die Sequenzierung des menschlichen Genoms im Rahmen des Humangenomprojektes, deren Vollendung im Oktober 2003, nur wenige Monate nach dem 50-jährigen Jubiläum der Strukturaufklärung der DNA durch James Watson und Francis Crick verkündet wurde. Weniger spektakulär, doch keineswegs von weniger Bedeutung war allerdings auch die Sequenzierung anderer Genome, etwa dem des Reis, der Hausmaus oder des Schimpansen. Das erste vollständig sequenzierte Genom stammte von dem bakteriellen Krankheitserreger Haemophilus influenzae.
Den Großteil der sequenzierten Organismen machen bakterielle Mikroorganismen aus, also Archaebakterien und Bakterien inklusive der Cyanobakterien (Blaualgen). Die niederen Eukaryoten (meist pathogene Pilze) sind in dieser Liste selten und Mehrzeller entsprechend noch seltener. Der Grund dafür liegt vor allem in deren enormen Genomgröße im Vergleich zu Prokaryonten und auch in der Bedeutung der Mikroorganismen für die Medizin und die Biotechnik.
Gegenwärtig ist die Sequenzierung von weiteren etwa 900 bakteriellen Genomen und von etwa 550 Eukaryontengenomen in Arbeit. Finanziert werden die Projekte international meistens öffentlich, teilweise jedoch auch durch große Unternehmen der freien Wirtschaft.
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Liste der sequenzierten Organismen
In der folgenden Liste sind die bisher weitgehend vollständig sequenzierten Organismen aufgeführt.
Archaeen
- Aeropyrum pernix - aus japanischen Thermalquellen
- Archaeoglobus fulgidus - Schwefel-Archaea
- Halobacterium spec. - aus Salzseen
- Haloarcula marismortui - halophil
- Methanobacterium thermoautotrophicum - Methanproduzierer
- Methanococcoides burtonii - Methanproduzierer, kältetolerant und aerob; aus dem Ace Lake, Antarktis
- Methanococcus jannaschii - Methanproduzierer, an Black Smokern der Tiefsee gefunden
- Methanococcus maripaludis - Methanproduzierer, aus Salzseen in Georgia
- Methanogenium frigidum - Methanproduzierer, kältetolerant und aerob; aus dem Ace Lake, Antarktis
- Methanopyrus kandleri - Methanproduzierer, an Black Smokern der Tiefsee gefunden
- Methanosarcina acetivorans - Methanproduzierer, Acetat u. a. abbauend, aus Ölquellen, Rindermägen u. a.
- Methanosarcina barkeri - Methanproduzierer, Acetat u. a. abbauend
- Methanosarcina mazei - Methanproduzierer, Acetat u. a. abbauend
- Methanosphaera stadtmanae - Methanproduzierer, Bewohner des menschlichen Dickdarms
- Nanoarchaeum equitans - aus heißen Quellen, Parasit anderer Mikroorganismen
- Natronomonas pharaonis - aus Natronseen in Ägypten
- Picrophilus torridus -
- Pyrobaculum aerophilum - aus heißen Quellen
- Pyrococcus abyssi - an Black Smokern der Tiefsee gefunden
- Pyrococcus furiosus - aus heißen Sedimenten auf der Insel Vulcano, Italien von Fiala und Stetter isoliert
- Pyrococcus horikoshii - an Black Smokern der Tiefsee gefunden
- Pyrolobus fumarii - an Black Smokern der Tiefsee gefunden
- Sulfolobus acidocaldarius - aus heißen Quellen
- Sulfolobus solfataricus - aus heißen Schwefelquellen
- Sulfolobus tokodaii - aus heißen Schwefelquellen
- Thermococcus kodakaraensis - thermophil, obligat anaerob, Schwefel-Atmung
- Thermoplasma acidophilum - wärmeliebend, zellwandlos, sehr säureliebend, reduziert unter anoxischen Bedingungen elementaren Schwefel zu Schwefelwasserstoff
- Thermoplasma volcanium - wärmeliebend, zellwandlos, sehr säureliebend, reduziert unter anoxischen Bedingungen elementaren Schwefel zu Schwefelwasserstoff
- Agrobacterium tumefaciens - pflanzenpathogenes Bakterium, tumorbildend
- Aquifex aeolicus - Hyperthermophiles Meeresbakterium
- Bacillus anthracis - Anthrax-Erreger
- Bacillus cereus - Erreger einer Lebensmittelvergiftung
- Bacillus halodurans - Enzymproduzierendes Bakterium (Industriell zur Enzymproduktion genutzt)
- Bacillus subtilis - Endosporen-bildendes Bakterium (Industriell genutzt)
- Bacteroides thetaiotaomicron - Darmbakterium
- Bifidobacterium longum - Darmbakterium
- Blochmannia floridanus - Bakterium in Symbiose mit der Rossameise Camponotus floridanus
- Blochmannia pennsylvanicus - Bakterium in Symbiose mit der Rossameise Camponotus pennsylvanicus
- Bordetella bronchiseptica - Erreger chronischer Infektionen der Atemwege
- Bordetella parapertussis - Erreger von mildem Keuchhusten
- Bordetella pertussis - Erreger von Keuchhusten
- Borrelia burgdorferi - Borreliose-Erreger
- Bradyrhizobium japonicum - Knöllchenbakterium der Sojabohne
- Brucella melitensis - Erreger des Maltafiebers und der Schaf- und Ziegenbrucellose
- Brucella suis - wirkt abtreibend, potentielle Biowaffe der USA, Erreger der Schweinebrucellose und der Hasenbrucellose
- Buchnera aphidicola - Bakterium in Symbiose mit Blattläusen
- Burkholderia mallei - Erreger des Rotzes bei Unpaarhufern, auch humanpathogen (Einsatz als Biowaffe)
- Burkholderia pseudomallei - Erreger der Melioidose, vor allem in Südostasien
- Campylobacter jejuni - Erreger einer Lebensmittelvergiftung
- Caulobacter crescentus - Süßwasserbakterium
- Chlamydia muridarum - Atemwegsinfektionen bei Maus und Meerschweinchen
- Chlamydia UWE25 - Umweltisolat; Endosymbiont, der in Amöben lebt
- Chlamydophila caviae - Erreger von Augenentzündungen bei Meerschweinchen
- Chlamydia trachomatis - Erreger der Harnröhrenentzündung
- Chlamydophila pneumoniae - Erreger einer Bronchitis
- Chlorobium tepidum - Grünes Schwefelbakterium
- Chromobacterium violaceum - humanpathogenes Bakterium (Diarrhoe und andere Erkrankungen)
- Chromohalobacter salexigens
- Clostridium acetobutylicum - Aceton- und Butanol-produzierendes Bakterium
- Clostridium perfringens - Erreger von Diarrhoe und anderen Erkrankungen
- Clostridium tetani - Tetanus-Erreger
- Corynebacterium diphtheriae - Erreger der Diphtherie
- Corynebacterium jeikeium - nosokomial pathogener Hautbewohner
- Corynebacterium efficiens - Bakterium, industriell zur Produktion von Aminosäuren u. a. genutzt
- Coxiella burnetti - Erreger des Q-Fieber
- Dehalococcoides ethenogenes - anaerobe Atmung mit chlorierten Ethenen
- Dehalococcoides CBDB1 - anaerobe Atmung mit polychlorierten Aromaten
- Deinococcus radiodurans - extrem strahlungstolerantes Bakterium
- Desulfotalea psychrophila - extrem kältetolerantes Bakterium des arktischen Eismeeres
- Desulfovibrio vulgaris - Sulfat-reduzierendes Bakterium, auch in Ölfeldern vorkommend, dort als Schädling bei der Erdölförderung
- Enterococcus faecalis - Darmbakterium, Modellorganismus
- Escherichia coli - Darmbakterium, Modellorganismus
- Fusobacterium nucleatum - verbreitetes Bakterium im Zahnbelag
- Haemophilus ducreyi - Erreger des Schanker
- Haemophilus influenzae - Erreger einer Erkältung
- Helicobacter hepaticus - Erreger chronischer Hepatitis und von Lebergeschwüren bei Mäusen.
- Helicobacter pylori - Erreger von Magengeschwüren
- Lactobacillus plantarum - Milchsäurebakterium
- Lactococcus lactis - Milchsäurebakterium, verwendet zur Käseherstellung
- Legionella pneumophila - Erreger der Legionärskrankheit
- Leifsonia xyli - pflanzenpathogenes Bakterium
- Leptospira interrogans - Erreger der Leptospirose
- Listeria innocua - nicht pathogene Listeria-Art
- Listeria monocytogenes - Erreger einer Lebensmittelvergiftung
- Mannheimia succiniciproducens - symbiotisches Bakterium im Magen von Kühen
- Mesoplasma florum - Bakterium mit extrem kleinen Genom
- Mesorhizobium loti - Knöllchenbakterium bei Lotus-Arten
- Mycobacterium leprae - Erreger der Lepra
- Mycobacterium bovis - Erreger der Rindertuberkulose
- Mycobacterium paratuberculosis - Erreger der Rinderkrankheit Johne's Desease
- Mycobacterium tuberculosis - Erreger der Tuberkulose
- Mycoplasma gallisepticum - Erreger einer chronischen Atemwegserkrankung bei Geflügel
- Mycoplasma genitalium - Erreger von Infektionen des Genitaltraktes
- Mycoplasma penetrans - Erreger von Entzündungen des Harn- und Genitaltraktes sowie der Atemwege, evtl. assoziiert mit dem HI-Virus (AIDS)
- Mycoplasma pneumoniae - Erreger einer Bronchitis
- Mycoplasma pulmonis - Erreger von Infektionen des Harn- und Genitaltraktes sowie der Atemwege bei Mäusen
- Myxococcus xanthus - schwarmbildendes Deltaproteobakterium mit komplexem Entwicklungszyklus
- Neisseria meningitidis - Erreger der Meningitis (Hirnhautentzündung)
- Nitrobacter hamburgensis
- Nitrosomonas europaea - Ammoniak-oxidierendes, Nitrit-bildendes Bakterium
- Oceanobacillus iheyensis - Tiefseebakterium
- Paracoccus denitrificans - denitrifizierendes Bodenbakterium
- Pasteurella multocida - Erreger von Vogelcholera und Ansteckendem Kaninchenschnupfen, Arthritis bei Schweinen und Menschen u.a.
- Photorhabdus luminescens - Bakterium in Symbiose mit insektenpathogenen Fadenwürmern
- Porphyromonas gingivalis - Erreger von Parodontose
- Pseudomonas aeruginosa - als Opportunist bei geschwächtem Immunsystem pathogen
- Pseudomonas putida - häufiges Bodenbakterium
- Pseudomonas syringae - pflanzenpathogenes Bakterium, u. a. an Tomaten
- Psychrobacter cryohalolentis
- Ralstonia solanacearum - pflanzenpathogenes Bakterium, Welke bei Hunderten verschiedener Pflanzenarten
- Rhodopirellula baltica - Rotes Meeresbakterium
- Rhodopseudomonas palustris - Purpurbakterium
- Rickettsia conorii - Erreger des Mittelmeer-Fleckfiebers
- Rickettsia prowazekii - Erreger einer Typhus-Art
- Rickettsia sibirica - Erreger von Zeckenfieber in Nordasien
- Rickettsia typhi - Erreger des Mäusetyphus (auch humanpathogen)
- Salmonella typhi - Erreger des Typhus
- Salmonella typhimurium - Erreger des Typhusfieber bei der Maus
- Shewanella oneidensis - Bodenbakterium, das Metallverbindungen umsetzt
- Shigella flexneria - evtl. Ursache von Plötzlichem Kindstod
- Sodalis glossinidius morsitans - Endosymbiont der Tsetse-Fliege
- Sorangium cellulosum - schwarmbildendes Myxobakterium mit komplexem Entwicklungszyklus
- Sinorhizobium meliloti - Knöllchenbakterium der Luzerne
- Staphylococcus aureus - Erreger von Scharlach und Toxinschock
- Staphylococcus epidermidis - Hautbakterium, Wundinfektionen
- Streptococcus agalactiae - Erreger von schweren Neugeboreneninfektionen, Meningitis u. a.
- Streptococcus mutans - Erreger von Karies
- Streptococcus pneumoniae - Erreger von Lungenentzündungen, Meningitis und Blutvergiftungen
- Streptococcus pyogenes - Erreger von Rheumatischem Fieber, Toxinschocks u. a.
- Streptomyces avermitilis - Antibiotikaproduzierendes Bakterium (industriell genutzt)
- Streptomyces coelicolor - Antibiotikaproduzierendes Bakterium (industriell genutzt)
- Thermoanaerobacter tengcongensis - Bakterium aus heißen Quellen in der Volksrepublik China
- Thermotoga maritima - sehr säureliebendes Bakterium
- Thermus thermophilus - hitzeliebendes, aquatisches Bakterium, Enzyme des Bakteriums finden Einsatz in der PCR und anderswo
- Treponema pallidum - Erreger der Syphilis
- Tropheryma whipplei - Erreger der Whipple-Krankheit
- Ureaplasma urealyticum - Erreger von Infektionen des Harn- und Genitaltraktes
- Vibrio cholerae - Erreger der Cholera
- Vibrio fischeri - Leuchtbakterium, das im Meer lebt und für den Nachweis von Schadstoffen verwendet wird, u. a. für die Qualitätsbestimmung von Abwasser
- Vibrio parahaemolyticus - Erreger schwerer Magen-Darm-Entzündungen
- Vibrio vulnificus - Meeresbakterium, kann bei Verzehr von rohen Meeresorganismen zu Erkrankungen führen
- Wigglesworthia glossinidia - Erreger der Schlafkrankheit
- Wolinella succinogenes - Bakterium im Rindermagen
- Xanthomonas axonopodis - pflanzenpathogenes Bakterium, erzeugt Zitronenkrebs bei Zitrusfrüchten
- Xanthomonas campestris - pflanzenpathogenes Bakterium, erzeugt Schwarzfäule bei Kreuzblütlern
- Xylella fastidiosa - pflanzenpathogenes Bakterium, schwerer Schädling in Obst-, Nuss- und Kaffee-Plantagen in Nord- und Südamerika
- Yersinia pestis - Erreger der Pest
- Cyanobakterien (veraltete Bezeichnung: "Blaualgen")
- Anabaena spec. - mehrzellig, Trichom-bildend
- Gloeobacter violaceus - mit Schleimkapseln
- Prochlorococcus marinus - Meeresbakterium
- Synechococcus spec. - im Meer lebend
- Synechocystis spec. - im Meer lebend
- Thermosynechococcus elongatus - thermophil
Eukaryoten
Protisten
- Encephalitozoon cuniculi - Einzeller, Erreger einer schweren Diarrhoe
- Leishmania infantum
- Leishmania major - Einzeller, Erreger der kutanen Leishmaniose (Orientbeule)
- Plasmodium falciparum - Einzeller, Erreger der Malaria
- Plasmodium yoelii yoelii - Einzeller, Erreger der Malaria bei Nagetieren
- Tetrahymena thermophilus
- Thalassiosira pseudonana - marine Kieselalge
- Trypanosoma brucei
- Trypanosoma congolense
- Trypanosoma cruci
- Trypanosoma vivax
- Trichomonas vaginalis[2]
Pilze
- Ashbya gossypii - pathogener Pilz, der Zitrusfrüchte und Baumwolle befällt
- Aspergillus fumigatus - humanpathogener Schimmelpilz
- Aspergillus nidulans - Schimmelpilz
- Candida albicans - humanpathogener Pilz
- Debaryomyces hansenii - salztoleranter Hefepilz
- Kluyveromyces lactis - Hefepilz, der potentiell zur Produktion von Medikamenten genutzt werden kann
- Kluyveromyces waltii - Hefepilz
- Magnaporthe grisea - Reisbrandpilz
- Neurospora crassa - Orangefarbener Brotschimmel, Modellorganismus
- Phanerochaete chrysosporium - Weißfäulepilz
- Saccharomyces cerevisiae - Bäckerhefe
- Schizosaccharomyces pombe - Spalthefe
- Trichoderma reesei - Schimmelpilz
- Yarrowia lipolytica - wenig bekannter Hefepilz
Pflanzen
Tiere
- Aedes aegypti - Gelbfiebermücke [3]
- Anopheles gambiae - Malariamücke
- Apis mellifera - die Westliche Honigbiene
- Caenorhabditis briggsae - Fadenwurm
- Caenorhabditis elegans - Fadenwurm, Modellorganismus
- Ciona intestinalis - Seescheide
- Ciona savignyi - Seescheide
- Danio rerio - Zebrabärbling (Zebrafisch), Modellorganismus
- Drosophila melanogaster - Taufliege, Modellorganismus
- Fugu rubripes - Kugelfisch
- Felis catus - Hauskatze (Rasse: Abessinierkatze)[4]
- Gallus gallus - Haushuhn
- Homo sapiens - Mensch
- Macaca mulatta - Rhesusaffe
- Monodelphis domestica - Opossum
- Mus musculus - Hausmaus, Modellorganismus
- Ornithorhynchus anatinus - Schnabeltier
- Pan troglodytes - Gemeiner Schimpanse
- Rattus norvegicus - Wanderratte
- Strongylocentrotus purpuratus Purpur-Seeigel [5]
Quellenangaben
- ↑ Co-Discoverer Of DNA Presented With His Own Genome Sequence
- ↑ http://www.sciencemag.org/cgi/content/short/315/5809/207
- ↑
Nene V, Wortman JR et al.:Genome Sequence of Aedes aegypti, a Major Arbovirus Vector.Science. 2007 May 17, PMID 17510324
- ↑ http://www.wissenschaft.de/wissenschaft/news/285014.html
- ↑ Sea Urchin Genome Sequencing Consortium; Sodergren E. et al.The genome of the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus. Science. 2006 Nov 10;314(5801):941-52.
PMID 17095691
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