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Double Digest ProblemDas Double-Digest-Problem ist eine Formulierung des Problems, eine physikalische Karte mit Hilfe von Restriktionsenzymen zu erzeugen. Die Idee dabei ist, zwei verschiedene Restriktionsenzyme RE1 und RE2 zu benutzen, die an verschiedenen Erkennungssequenzen schneiden. Dazu wird zunächst die zu untersuchende DNA mehrfach kopiert und darauf dann drei Reaktionen durchgeführt:
Weiteres empfehlenswertes FachwissenDie gewonnenen DNA-Fragmente werden anschließend z.B. mit Hilfe einer Gelelektrophorese aufgetrennt und damit die verschiedenen Fragmentlängen gewonnen. Dabei entstehen also drei Fragmentlängen-Mengen ΔRE1, ΔRE2 und ΔRE1RE2. Die Aufgabe ist es dann, aus diesen Mengen die Schnittpositionen der Restriktionsenzyme abzuleiten. Da man die Erkennungssequenzen der benutzten Restriktionsenzyme kennt, hat man damit Positionen auf der Sequenz eindeutig identifiziert. Beispiel:(die Schnittstellen sind mit * markiert, die DNA-Sequenz hat die Länge 15kb) RE1 schneidet an den Stellen 4, 7 und 11, RE2 schneidet an den Stellen 5 und 10, beide zusammen schneiden an den Stellen 4, 5, 7, 10 und 11. 0kB 5kb 10kb 15kb |-------*--|----*-----|--*-------| nur RE1 |----------*----------*----------| nur RE2 |-------*--*----*-----*--*-------| beide zusammen ΔRE1 = {4kb, 3kb, 4kb, 4kb} ΔRE2 = {5kb, 5kb, 5kb} ΔRE1RE2 = {4kb, 1kb, 2kb, 3kb, 1kb, 4kb}
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Dieser Artikel basiert auf dem Artikel Double_Digest_Problem aus der freien Enzyklopädie Wikipedia und steht unter der GNU-Lizenz für freie Dokumentation. In der Wikipedia ist eine Liste der Autoren verfügbar. |